《宝可梦》系列游戏中包含了很多隐藏的彩蛋和秘密，这些元素增强了这款游戏的趣味性和探究性。以下是一些较新信息中提到的彩蛋：
红鳞暴鲤龙：游戏中的愤怒之湖，玩家可以碰到一只红色暴鲤龙，这是游戏中的稀缺宝可梦，也是闪光宝可梦的一种。
被遗弃的小火龙：在6号路面，玩家会碰到一只孤独的小火龙，与其对话后可以开启任务，完成任务后可以获得这只宝可梦。
育儿小能手大蒜王八：在华蓝市完成特定任务后，会解锁大蒜王八的支线任务，展现了它在动画中的育儿特点。
烈焰马的魔法：在游戏里，烈焰马作为坐骑时会显示为含有火苗的形态，可事实上骑上去后会变成伽勒尔的魔法小马。
宝可梦传说：阿尔宙斯里的彩蛋：游戏中包含了多种生态细节彩蛋，比如宝可梦之间的互动、宝可梦的独特行为等，这些细节增强了游戏世界的真实感3。
梦幻的发觉日期：在《宝可梦：红/绿》中，有关于梦幻被发现的研究日志，其中提到梦幻是在7月5日被发现的，这一日期与Game Freak向任天堂提出《宝可梦》游戏概念并被批准的日期相符合，是一个隐藏的历史彩蛋。
